Las empresas sujetas al sistema de Suministro Inmediato de Información (SII) deben extremar la diligencia en el registro de sus facturas. Una reciente resolución del Tribunal Económico-Administrativo Central (TEAC) ha consolidado un criterio determinante: la cuota de IVA de aquellas facturas que no hayan sido suministradas al SII antes del inicio de una inspección no podrá ser deducida durante el proceso de regularización.
Desde Finanbase en Madrid, analizamos esta resolución que transforma un incumplimiento de plazos en una pérdida financiera inmediata para el contribuyente.
La doctrina establecida por el TEAC
En su resolución n.º 3742/2024, el TEAC aclara la interpretación del artículo 99.Tres de la Ley del IVA. El tribunal establece que, para que el IVA soportado sea deducible en el marco de una actuación inspectora, es requisito imprescindible que las cuotas estén debidamente contabilizadas en los libros registro oficiales en el momento previo a la notificación de la comprobación.
En el contexto del SII, el suministro electrónico de los registros de facturación equivale a la contabilización legal. Por tanto, si el suministro se realiza una vez iniciadas las actuaciones, dicha anotación carece de validez a efectos de deducibilidad en esa liquidación específica.
Efectos en la tesorería de la empresa
Es importante señalar que esta medida no implica necesariamente la pérdida definitiva del derecho a deducir. El contribuyente podrá ejercer la deducción en declaraciones-liquidaciones posteriores, dentro del plazo de caducidad de cuatro años, una vez las cuotas hayan sido registradas. No obstante, el perjuicio es evidente: la empresa deberá abonar la cuota regularizada por la inspección, junto con los intereses de demora correspondientes, afectando directamente a su flujo de caja.
Supuestos exceptuados de esta restricción
La resolución contempla ciertos escenarios donde la falta de registro previo en el SII no impide la deducción en la regularización, principalmente porque no existe riesgo de pérdida de ingresos fiscales:
- Adquisiciones intracomunitarias de bienes: Al compensarse la deuda con el derecho a deducir (inversión del sujeto pasivo), se mantiene la neutralidad del impuesto.
- Inversión del sujeto pasivo: Operaciones interiores donde el destinatario autorrepercute el impuesto.
- IVA a la importación: Cuotas liquidadas por la aduana e incluidas en el sistema de diferimiento, siempre que concurran los requisitos materiales del derecho a la deducción.
La importancia de un control administrativo riguroso
Esta doctrina refuerza la necesidad de que los departamentos contables y fiscales mantengan el SII actualizado en tiempo real. La mera existencia de la factura física no garantiza el derecho a la deducción si no se cumple con el requisito formal del registro electrónico en los plazos previstos.
En Finanbase asesoramos a empresas y autónomos para garantizar el cumplimiento normativo y evitar que incidencias en la gestión documental deriven en contingencias fiscales evitables.
Si desea revisar sus protocolos de facturación o necesita asistencia técnica ante un procedimiento de inspección, nuestro equipo está a su disposición.
📍 C/ Berlanas, 5, 1ºB, 28047 Madrid
📧 finanbase@finanbase.com
📞 915 267 252 | 653 090 461
